坚果之云 Markdown几种都用过，都不精通，抛砖引玉说下我的感受:
Markdown
优点:
格式简单，即使在纯文本模式下也很易读。
应用广泛。在 GitHub, Reddit, StackOverflow 等一大批网站的影响下，在互联网上应用很广。
工具和库的支持很好。无论是编辑、转换还是和其它库的集成，Markdown无疑在三种中是最好的。
缺点:
不支持复杂的格式（如表格等）。
有太多不兼容的方言。由于原始的Markdown支持的格式有限，所以出现了很多不同的扩展，这些扩展之间的不兼容性是一个问题。GitHub 等几个公司准备制定一个统一的标准，希望这种情况能有所好转。( https://github.com/vmg/sundown/commit/37728fb2d7137ff7c37d0a474cb827a8d6d846d8 )
reST
优点:
表达能力强。如果要写书、文档等复杂格式的内容，reST 无疑是一个很好的选择。
和Python语言的结合较好。如果你是Python程序员，reST也是文档的首选。
有Sphinx这个很棒的工具支持，不但能转化成html、PDF等各种格式，还支持python、javascript、C++等编程语言，并且有很多的扩展。
缺点:
格式过于复杂。reST纯文本的可读性不如Markdown和Org.
工具和库不如Markdown丰富。
Org
优点:
有最好的编辑器支持(如果你用Emacs的话). 在Emacs的org-mode模式下编辑Org非常舒服。
功能强大。除了一般的格式，还支持「文学编程」、GTD 等。并且能够导出为各种格式。
缺点:
跟Emacs结合紧密。如果你不是一个Emacs用户，那么很遗憾你不能享受Org的所有便利（即使vim已经对Org有了基本的支持）。
缺少各种库的支持。你要是想把Org集成到你的系统里可能没有那么容易。
格式复杂。功能的强大往往伴随着更多要学习的东西。
总结
如果要集成到你的系统里（比如用户评论），或者写格式不是太复杂的博客，Markdown也许是合适的选择。
如果要写复杂的文档，或者你是Python程序员，reST 有很大优势。
如果你是Emacs用户，或者要尝试下「文学编程」、GTD这些玩意儿，那么用org-mode吧!
